黄鳝为营底栖穴居生活的鱼类，适应能力强，在各种淡水水域中几乎都能生存。以湖泊、稻田、池塘、沟渠、水库和塘堰等静水水域中数量较多，喜栖于腐殖质较多的、偏酸性和中性的水底泥穴中，常在田埂、堤岸和水边乱石缝中钻洞穴居。黄鳝洞穴较深，洞长为体长的2.4倍-3.6倍，结构复杂，分洞口、前洞、中洞和后洞等，孔道弯曲多分叉。洞穴一般有2个以上的出口，其中有个出入口在近水面处，黄鳝身体不离开洞穴即可将头部伸出水面吸取空气，两个穴口相距60厘米-100厘米。黄鳝用头部穿穴，穿穴时，动作十分敏捷，瞬间即可钻入泥中，且不排泥于洞外，所以观其穴可知其大小。黄鳝昼伏夜出，白天一般静卧于洞内，很少活动。温暖季节夜间活动频繁，傍晚后出洞觅食，有时守候在洞口捕食，捕食后迅速缩回洞内。炎热季节白天也常见其出洞呼吸、捕食。黄鳝的活动与水温有关，适宜黄鳝生长的水温是15℃-30℃，此时摄食活动增强，生长也较快。当水温低于10℃时，则停止摄食，随着温度的降低而进入土中穴居冬眠。冬季在其栖息处干涸时，能深潜入土越冬达数月之久，直到第二年水温回升到15℃以上时，方才出洞觅食。6月-8月是活动的旺盛季节，10月后逐渐停食，并钻入深层潜居。黄鳝的口腔、鼻腔及肠内壁布满微血管，可以直接吸收空气中的氧气进行呼吸，故其可用吻端直接伸出水面吸收空气。在浅水中常可发现黄鳝竖直前半段身体，将吻端伸出水面进行呼吸。所以，黄鳝在氧气十分缺乏的水体中也能正常生活。它可以短时间离开水源而不死，在潮湿阴凉的条件下，长途保鲜运输1天-3天，成活率仍达90%以上，故适宜于长途运输。黄鳝喜食活食，耐饥饿，对光刺激不太敏感，味觉不发达。