其作用主要有：①在粪料发酵中，消除粪料臭味，促进粪料发酵。②在其饲料中添加EM，便于防止蚯蚓疾病。③提高产量。使用EM处理的粪料，1吨粪第一次利用，可产蝇蛆100-300公斤；第二次利用可产蚯蚓20-60公斤，还可将蚯蚓粪作为培育鳝苗培肥水质的底泥，还可将蚯蚓粪部份加入黄鳝饲料而用于饲养黄鳝。一些养殖户养殖蝇蛆未经EM发酵甚至根本就没有发酵，长出的蝇蛆带有大量的病菌，有的使用未经任何处理的动物尸体直接生蛆甚至直接从粪坑中捞蛆养鳝。虽然在投喂前也曾使用药物消毒，但仅仅能杀灭一些表皮上的病菌，而位于蝇蛆体内的细菌是无法杀灭的。韩国、新加坡等养鳝技术发达的国家，是禁止向黄鳝投喂新鲜的蝇蛆、蚯蚓及动物内脏的，一方面容易污染水质，更容易将病虫带入。而全程使用EM生产的蝇蛆及蚯蚓则相对来说要安全得多。