及时处理已采集的羊奶挤出后的羊奶必须经过过滤、冷却并贮存在一个独立干净的贮奶房间。过滤羊奶可在挤奶机出口处装上一个过滤片，当羊奶排除挤奶机时就得到过滤；也可在收集羊奶后使用过滤器将收集在羊奶桶里的羊奶滤出。如果使用一次性过滤片或滤器，则使用一次后就应仍掉。此外，还可用纱布过滤羊奶，每次使用后应清洗消毒。滤片或滤器还可滤出结块的羊奶和其它大颗粒，检查过滤出的内含物可以帮助评价挤奶总体卫生，特别是评价上面提到的第二、三步的执行情况。及时冷却收集的羊奶，是防止细菌繁殖和保证羊奶质量的关键。如果没有冷库设备，应将羊奶冷却到跟当地水源差不超过摄氏2度。羊奶被运到加工厂前，较为理想的是将冷却的羊奶存放在摄氏4度。既使每毫升含细菌数低于一万个的高质量羊奶也不能放在摄氏4度超过两天，不然，羊奶质量可能会下降，没有保存在摄氏4度的羊奶必须尽快地送到加工厂。清洗设备挤奶机只有在每次使用后彻底清洗才能保证其正常工作。彻底清洗过的挤奶机是收集到高质量羊奶的必要条件。高质羊奶可保证奶制品安全和味道鲜美，同时可保鲜较长时间。因此，用于制造输奶管道的材料必须光滑（铝合金、不锈钢等）、耐用和抗酸碱腐蚀；挤奶机含有的直角结构数目必须尽量少，以减少羊奶的流动阻力和防止羊奶的沉积；整个输奶管道需要有足够的斜度以便于清洗。挤奶机外部的清洗结束挤奶后必须采用清洁的水擦洗掉挤奶机表面以及可移动的管道表面的所有可见的脏物和羊奶沉积物。挤奶机内部和输奶管道的清洗羊奶通过管道直角会产生强大旋涡（湍流）并产热从而导致羊奶成分（蛋白质）沉积和“乳石”的形成。用手工或用自动清洗系统彻底清洗挤奶机的基本步骤包括预洗、清洗、水洗、酸洗、水洗和消毒。要使一种清洗溶液包含清洁剂中所有必须成分是不可能的，因为清除脂肪和蛋白膜通常需用碱性溶液，而清理沉积的矿物盐又得用酸性溶液，因此，建议酸碱性溶液交替使用。