病原菌为甜瓜球腔菌，属子囊菌亚门真菌。主要侵染茎蔓，也侵染叶片和果实。茎基部发病时，首先节部呈油浸状，生成胶状物，微凹陷。不久变为灰白色，出现裂痕，胶状物干燥变为赤褐色，病斑上出现无数个针头大小的黑粒（分生孢子器）。湿度大时，茎的节与节之间和叶柄及果梗上也出现油浸状褐色病斑，椭圆形至不规则形，并伴有裂痕，病斑上形成无数小黑粒，叶柄常从病斑部位折断，叶片枯死。在叶片上主要危害叶缘、叶柄及叶脉，形成圆形或椭圆形淡褐色至灰褐色大型病斑，病斑干燥易破裂，病斑上形成无数小黑粒。果实染病，初产生水渍状病斑，后中央变为褐色枯死斑，呈星状开裂，内部木栓化，病斑上形成小黑粒。