西瓜枯萎病病菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机服或土壤中越冬，成为翌年主要侵染源。该菌能在土壤中存活6年，菌核、厚垣孢子通过家畜消化道后仍具活力。采收的病瓜经试验，瓜柄、瓜瓤、瓜咱都可带菌发病，所以，在田间边吃瓜边扔下病瓜的瓜皮、瓜籽，或从病田采收的带菌种子作商品种子出售，播种带病种子，这些都成为次要侵染源。以上这些传病的因素均在土中，西瓜根的分泌物刺激带病体，病菌的厚垣孢子萌发，从根毛顶端细胞间或根部伤口侵入，先在细胞内或薄壁细胞间生长后进入维管束，在导管内发育，分泌果胶酶和纤维素酶，破坏细胞，阴塞导管，干扰新陈代谢，致使西瓜萎蔫，中毒枯死。