链孢霉菌又叫红粉菌。正式名称叫好嗜脉孢霉(Neurosporasitophila)。和曲霉菌一样，其无性阶段属半知菌亚门，有性阶段属子囊菌亚门。而造成污染的主要是其无性阶段的分生孢子。该菌在金针菇的菌种分离、提纯及转扩过程发生不多，但在栽培过程的菌种生产和菌袋培养过程，其威胁性相当大，在气温较高、空气温度偏高时，特别是菌瓶、菌袋的棉花塞受潮湿情况下，容易遭受此杂菌的污染而报废。该杂菌生长情况与毛霉菌有些相似，其菌丝在培养料内的扩展速度快，穿透力强，很快就可从瓶(袋)口处扩展到底部并向上穿过棉花塞在外表形成大量的分生孢子，其粉红色或肉红色的分生孢子团不但可覆盖整个棉花塞的外表及瓶(袋)口，而且其厚度可达1cm左右。在瓶(袋)内培养料中生长扩展的菌丝，初为白色，与金针菇的菌丝相似，但稍后转变为黄白色。该杂菌在自然界分布广泛，在潮湿的甘蔗渣或玉米芯上极易生长并很快形成大量的分生孢子，分生孢子可随气流传播。生产场地环境卫生不好、培养料清毒灭菌不彻底、接种操作过程不是在无菌下进行、瓶(袋)口的棉花塞受潮湿后未及时更换以及培养室的温度、湿度过高、通风不良等均可引起污染。此外，菌袋灭菌后搬运摆放过程的机械损伤造成的裂口也有利该杂菌侵入。链孢霉菌比其他污染杂菌的抗药力抗逆力均强，一般的杀菌剂对它的防效不理想。应以搞好环境卫生和物理学的防治方法加以控制为主。