根系是花生植株吸水分的主要器官。根的体积和分布范围以及吸收水分的能力是影响植株耐旱性能的关键因素之一。花生的根为圆锥根系，大部分通常分布在耕作层中，侧根或营养根在土壤表层14～20厘米处广泛分布并呈网状，深的能插到2.5米的深度。但在热带雨季会较浅，不同生长习性（或不同植物学类型）品种的根系有较大差异。一般蔓生类型的根系较丛生类型发达和强壮。花生在苗期侧根发育很快。初花期前即可生长出第四次侧根，花荚期即可见到第五次侧根。主根和第一、二次侧根干物质占根总量的92.5%，根总长和根总量，根的平均长度和平共处根的直径呈极显著正相关。国内外许多研究认为，花生苗期适度的缺水胁迫，能够刺激根往深层土壤生长，使根系更为强壮，有利于提高后期对干旱的抵抗能力。极度缺水将影响花生的出苗，引起死苗。在缺水条件下，花生根部的结瘤将显著减少，固氮能力降低。在盛花期到结荚期，花生根系容易已经基本定形，此后的缺水只能加速根容量的减小。一般认为，在缺水胁迫条件下花生植株为了减少失水，叶片气孔将关闭或通透性大幅度地下降。这样使光合作用需要的二氧化碳摄入量降低。叶片在水势不足而发生卷曲时，叶片往往要改变方向从而减少对光能的拦截。同时细胞在水分不足的情况下，光合作用的一系列生理过程也要受到影响。再者，一般缺水可能伴随高温出现植物呼吸作用加强，同化物质的消耗量增加。所以，缺水胁迫对营养生长都有不良影响，生物产量下降。