水稻以纯有机栽培，是严禁使用化学合成杀草剂。目前应用在水稻有机栽培的杂草防除技术有三种，(第一种)重复整地法：于插秧前12~15天进行第一次整地，粗耕、细耕及把平同时完成，随即给予深水(5~10公分)灌溉，持续至插秧前三天，再进行第二次整地，即可完全防除杂草。(第二种)稻壳覆盖淹水法：于插秧前力求整地平整，插秧后秧苗挺直时，每公顷覆盖约4吨稻壳，并进行淹水处理，可防除大部分的杂草，再配合人工除草，即可有效防除杂草。(第三种)高温防除法：此法是利用未经腐熟的植物性有机质肥料施用到地面，应用土壤中微生物分解有机质，在湛水情况下土壤中残存氧气，使杂草种子无法获得足够能量发芽的原理，以抑制杂草的发生，但是本项防除法，必须配合高温(例如二期作初期)，才有防治效果，一期作仅能达到初期抑制，长期则无防治效果。