小麦根腐病的防治措施是：1、农业措施，选用抗根腐病的品种；不在病田留种，不种植带黑胚的种子；与豆类、马铃薯、棉花等阔叶作物合理轮作；适时播种，浅播；有机肥要充分腐熟，氮、磷、钾等肥料合理搭配使用。2、药剂防治，防治该病的药物很多，但该病应以防为主。常用的药物有70%代森锰锌可湿性粉剂、50%福美双可湿性粉剂、20%三唑酮乳油等，按种子重量的0.2%～0.3%拌种。在小麦返青至拔节期发病，每亩用50%强力杀菌剂50毫升、迦姆5毫升，加水40公斤喷雾，每隔7～10天喷一次，连续防治2～3次。小麦开花初期发病，可用12.5%禾果利可湿性粉剂2500～3000倍液喷雾，或每亩用4.5%玉麦菌杀水剂30～35克或5%井冈霉素水剂10克加水40公斤喷雾防治，隔7～10天再喷一次。喷药应喷匀、喷透，使药液充分浸透根、茎。 地下害虫的防治：地下害虫的防治指标一般死苗率达3%时，应进行药物防治。防治地下害虫的药物和方法较多，如亩用5%辛硫磷颗粒剂2公斤或3%辛硫磷颗粒剂3～4公斤拌细土30～40公斤开沟施入，或顺垄撒施后划锄覆土；亩用50%辛硫磷乳油500毫升加水750公斤顺垄浇施，都能有效地防治蛴螬和金针虫。亩用90%晶体敌百虫75克，温水溶解，加水1.5公斤配成药液，拌在5公斤炒香的麦麸、大豆饼、玉米碎粒或煮成半熟稻谷、谷子等上，焖4～6小时即成毒饵。将毒饵于傍晚撒在田间，可有效防治蝼蛄。