经常适度深耕，可打破犁底层，增加耕作层通透性，有利于作物根系的充分发育，是小麦花生两熟制重要增产措施。据试验，连年浅耕（<20厘米）的土壤深耕（25～30）后，可使小麦花生增产10%以上；但在一定年限内，深耕次数与增产量无明显正相关关系。例如，３年内进行１次、２次、３次深耕的３个处理，小麦花生两作全年混合产量相差不到２个百分点，表明每年重复深耕是没有必要的。试验和实践表明，每３～４年深耕１次，既可起到深耕的增产作用，又可降低生产成本和避免犁底层的出现。深耕一般在轮作周期第１年秋天小麦施肥后进行，深度以25～30厘米，深耕年的施肥量比常年可适当增加。