在腌制过程中，如果出现醭膜和菌花，即表明表面受酵母菌或霉菌污染，它们能使组织变软，失去胶性并可导致腐败。如受腐败细菌污染，可使蛋白质、氨基酸分解成吲哚、硫化氢等，会产生臭味及其他有毒物质。变质的原因：(1)盐液浓度低或pH值偏高：一般盐液要求盐度在22波美度以上，pH值在4―5之间，在腌制过程中要及时进行调整。 (2)腌制方法不当：金针菇不宜采用原腌法盐渍(一层菇一层盐的干腌)，干腌通常会出现上层发霉变酸，下层发黑，只有中间层较为正常的现象。这是因为缸内菇体受盐不均匀引起的，上层盐少，菇体常暴露在空气中，所以易被细菌、霉菌污染而变质；食盐溶化后沉入底部，下层盐度升高而使菇体发黑；中间层盐度适中，所以盐渍效果比较好。 (3)盐水封口不良：腌制与保藏过程要用盐水封闭容器口，使菇体保藏在液面之下。当菇体浮露时，由于长期与空气接触，不但会引起腐烂变质，还会使菇体维生素丙(维生素C)因氧化而被破坏。此外，腌制用的水质也会影响加工的品质，水中含铁的化合物或硫化氢等物质，会使菇体变黑。因此水质必须符合国家饮用水生活卫生标准。