畸形菇主要是通风不畅、菇室二氧化碳含量超过0.3%时，易出现畸形菇。出菇部位过深，在粗土缝间长出的菇也往往呈畸形。预防措施，应重点注意菇房的通风换气。地蕾菇培养料入菇房时湿度过大，粗土调水时菇房通风太久，覆盖细土过晚，温度较低等，容易产生地蕾菇。预防措施，应掌握喷水适量、通风适时，使菌丝吊在黏土之上、细土之下。红根菇栽培料偏酸，出菇前高温阶段田水过多，覆土层含水量过大，追施葡萄糖超量，菇房通风不良等都易导致红根菇。预防措施，应调整好培养料的酸碱度，覆土含水量保持在22%-25%，避免高温时洒水，追肥浓度要适当。水锈斑菇菇房内及培养料表面喷水后没有及时通风换气，菇房湿度过大，蘑菇表面出现小水滴，时间一长，会形成铁锈色的斑点。预防措施，每次喷水后应打开门窗30-60分钟通风换气。空根白心菇喷水太少，覆土层较干燥，子实体得不到充足的水分，菇柄产生白色髓部，甚至空心。预防措施，主要是适时适量喷水，出菇期菇房空气相对湿度保持在85%以上。硬开伞菇昼夜温差达10℃，或遇强冷空气袭击，均会引起蘑菇硬开伞。预防措施，当气温骤变时，菇房外应加盖草帘，以保持菇房气温稳定、湿度适宜。薄皮早开伞菇出菇密度太大，温度偏高，或湿度偏低，子实体生长快而柄细盖薄，会提早开伞。预防措施，注意保持菇房适宜的温湿度，能有效预防薄皮早开伞菇的出现。