苹果烂根病也叫根腐病，是由病菌侵染引起，也有由水涝、冻害、盐碱、施肥不当和管理不善引起的生理性烂根。苗木栽植前，首先要考虑所选地块不易水淹，因为低洼易水淹地常致根系呼吸困难，而且这样的地块冻害和盐碱较重，这些都会引起生理烂根。此外，质地黏重土壤和沙滩上也不宜建园。防止由病菌侵染引起的烂根病，首先要选择脱毒苗木或野生砧木繁育苗，不可用苹果籽做砧木繁育的苗木，这点十分重要。第二要挖大坑，施足有机肥。有机肥必须充分腐熟，还要与坑土拌匀，保证苗木栽植后生长健壮，增强根系抗病菌侵染能力。第三对前茬为果树或林木的地块，由于土壤中烂根病菌较多，应在拾尽腐根的基础上，对坑土进行药剂灭菌处理，可选用适宜灌坑的药剂，如选用500倍液硫酸铜、75%五氯硝基苯800倍液、50%代森铵400倍液、40%福美砷500倍、70%甲基托布津可湿性粉剂1500倍液、2%农抗120水剂200倍液等。