除了空洞果之外，各种形状不正的果实都叫畸形果。棚室番茄常有畸形果形成，畸形果商品价格低，能降低经济效益。番茄的椭圆形果、菊花果、侧裂果、指突果、双（多）圆心果等都是畸形果。产生畸形果的直接原因是子房心室过多。心室多少与品种特性和栽培条件都有关。苗期温度高低，白天气温在20摄氏度以下，夜间气温在8-10摄氏度以下，同一品种的心室数明显增多，从而增加了畸形果率。此外，氮、磷、钾过剩，缺钙缺硼等也能促使子房心室数目增多。预防产生畸形果主要措施：一是尽量选用子房心室数目不易受低温影响而增多的品种，L-402、辽粉杂3号、毛粉802和中蔬5号等品种的子房心室数目受低温条件影响较小，棚室番茄冬春季栽培应尽量选用这类品种，而佳粉10号、沈粉3号、西粉3号等子房心室数目易受低温影响而增多，畸形果率较高，冬春季棚室番茄尽量不选用这类品种。二是育苗期间幼苗2-3片真叶开始发芽分化后，苗床睛天白天气温25-27摄氏度，夜间最低气温8-10摄氏度以上。三是苗期氮、磷肥不要过多，还要避免缺钙缺硼。四是开花前后发现萼片超过10个畸形花及时摘除。