番茄定植前施用0.5%阿维菌素颗粒剂或10%噻唑膦磷颗粒剂，可以有效预防根结线虫病发生。

通常每亩用10%噻唑膦颗粒剂1～2公斤或0.5%阿维菌素颗粒剂5公斤撒施并与土混匀，或者制成药土后撒入定植穴中，以防药剂与蔬菜根系直接接触伤根。配合使用甲壳素或微生物菌肥，可以提高防效。甲壳素和微生物菌肥能诱导植株产生几丁质酶，分解线虫的体壁及卵壳，有利于药物快速进入线虫体内将其杀死。

番茄定植后发现棚内根结线虫病发生严重，可用1.8%阿维菌素乳油1500倍液混加适量甲壳素灌根。