外部形态鉴定

定义及分类：根据玉米品种的种子、幼苗和植株外部形态的差异鉴定品种，分为种子形态鉴定法、幼苗形态鉴定法和田间种植鉴定法等。

种子形态鉴定法特点：简单、方便、快速，在传统农业生产中应用普遍，但可供鉴定的种子性状少且易受种子成熟度、种子生产生态环境和种子贮藏等条件影响，鉴定结果具有一定的主观性。品种间种子形态差异越来越小，鉴定形态差异来辨别种子越来越困难，准确性也越来越低。

幼苗形态鉴定法特点：所需试验设备及操作简易、成本低，但能用于品种鉴定的幼苗特异性状较少，所以只能用于有明显差异品种间的鉴定。

田间种植鉴定法特点：具有合法性、科学性、准确性等优点，是进行品种真实性鉴定结论判定的*终方法，但周期性长、时效性差、工作量大，不能满足现代农业生产及种子贸易中快速鉴定的要求。

蛋白质指纹图谱法

定义与分类：利用电泳技术对待检测样品的种子或幼苗的蛋白质进行分离、染色，形成蛋白质电泳图谱，与标准样品进行比较，来鉴定品种。包括同工酶电泳、种子贮藏蛋白电泳法等。

同工酶电泳法特点：目前，已有30多种同工酶用在作物品种鉴定中，*常用的是脂酶同工酶和过氧化物同工酶等。同工酶电泳虽然比形态鉴定更加快速，但同工酶具有植物组织及器官特异性，受个体发育及生态环境的影响，且一些种类的同工酶在提取和分离过程中容易失去活性。

种子贮藏蛋白电泳法特点：在品种鉴定上应用较多的是醇溶蛋白（和谷类）和球蛋白（豆类）。该方法直接从种子中提取蛋白质，操作技术简单，结果相对稳定，但是随着近亲品种的不断涌现，寻找品种鉴定用的特异蛋白的难度增大。

DNA指纹图谱法

定义与分类：学名为DNA分子标记鉴定法，通常也称为DNA指纹图谱法，种类较多，当前在农业行业标准中常用的方法为简单重复序列（SSR）标记法。

SSR标记法通常是指以2个——5个核苷酸为单位串联重复不同次数形成简单重复序列，在不同品种的基因组DNA中简单重复序列的重复次数有差异，这种差异可以通过聚合酶链反应（PCR）扩增及电泳法进行检测，从而能够区分不同品种。

SSR标记法特点：SSR标记广泛、随机、均匀的分布在基因组中，可以提供整个基因组的遗传信息，参与遗传物质结构的改变、基因调控等过程，能够直接反应品种遗传物质在DNA水平上的差异。具有准确性高、多态性高、检测重复性好、操作简便、经济、不受季节和环境影响等特点。以SSR标记法为主，形态鉴定方法为辅，能够更高效、更准确进行品种鉴定。