芹菜因缺钙而产生的心腐病是导致芹菜烂心死棵的主要原因。芹菜缺钙时，生长点的幼嫩组织初为褐色至深褐色，后变黑枯死，同时病害向下延伸到茎基部和根部，致使茎表面变褐干枯，剖开生长点后可见内部中空，呈褐色干腐状，略有酸味。同时植株的根系变黄褐色至黄棕色，根系数量减少。

当芹菜因缺钙发生烂心时，很多菜农也注意为芹菜补充钙肥，但却没有取得明显的效果，这是因为菜农没有在补充钙肥的同时为芹菜补充硼肥。很多菜农认为芹菜又不开花不结果，没有必要为芹菜补充硼肥。研究证明，如果芹菜缺硼，即使补充再多的钙肥也不能被芹菜吸收利用，因此在为芹菜补充钙肥的同时，一定要注意补充硼肥。菜农可以通过叶面喷施0.3%的硝酸钙溶液混0.2%的硼砂溶液进行预防。同时，菜农应减少氮肥，尤其是铵态氮的使用量，适当增加钾肥用量，以利于钙的吸收利用。

导致芹菜产生烂心死棵的另一个主要原因是细菌性软腐病。但它主要发生在叶柄的基部或茎上，症状表现为水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形的凹陷斑，后呈湿腐状，变黑发臭。菜农在防治时可以使用12%松脂酸铜500倍液或47%加瑞农600倍进行防治。菌核病也可导致芹菜发生死棵。菌核病主要从芹菜靠近地面的叶柄基部和根茎部侵染，导致受害部位呈水浸状腐烂，湿度大时可见白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。菜农可以使用40%的菌核净800倍液或50%的异菌脲 1000倍液、或20%克菌星（有效成分过氧乙酸和多抗霉素等）750倍液，喷洒防治即可。