据科学试验，冬瓜在深耕1米以上的条件下，主根纵向分布可达150-180厘米，横向分布可达150-200厘米。每生产5000公斤冬瓜，需氮16-18公斤，磷11.5-12.25公斤，钾12.25-15公斤。

因冬瓜产量高，生长期长，所以在施肥时应以有机肥料为主，化学肥料为辅，以基肥为主，追肥为辅。因有机肥料能在冬瓜生长发育过程中源源不断地释放养分，供给冬瓜各个生长阶段对养分的需要。一般每亩冬瓜可施用厩肥2500-3000公斤和堆肥2500-4000公斤作基肥，也可施用腐人粪层500-750公斤，腐熟猪牛粪750-1000公斤，过磷酸钙或钙镁磷肥50-75公斤，土杂肥50-100担。有条件的还可在基肥中施用40-75公斤饼肥。冬瓜追肥应前轻后重，生长前期只施二、三次稀粪水，藤长70-100厘米后，每隔3-5天施*稀粪水。座瓜后宜勤施粪水，每隔4-5天*，并逐渐增加浓度。瓜重15-20公斤时，结合灌溉抗旱，可经常性地施入一些稀薄人粪尿、猪粪尿。

追肥时，不要在大雨来临前施，也不要在大雨后立即施，不要偏速效氮肥。