生物肥料与常规肥料的混杂沤（浸）后使用，不但可提高肥效，而且经过有益微生物的大批增殖，提高泥土有效养分，使根际有益微生物的比例大大提高，从而加强对病菌的拮抗能力，抑制其致病力。经过在蔬菜、果树上多年示范推广，果满多生物有机肥和科卡西生物有机肥与农家肥共同作底肥，以及与粪尿肥共浸萎作多次追肥（配施部分化肥），不但肥效好，苗期及成株枯败病、疫病发病率可显然下降（以轮作为前提，配合化学防治）。

除生态肥外，优质复合肥能供给冬瓜必须的N、P、K，使有机肥的长效和化肥的速效相联结。冬瓜P、K营养临界期在苗期，因此基肥中必须含有足够的磷和钾。国产洋丰复合肥和日本住商复合肥经多年示范使用，对作物丰收丰收有显然效果。特别是住商复合肥，兼具速效和长效功能，肥料利用率高。

不少瓜田前期死苗不多，但到瓜蔓上棚（架）后，死株猛然增加，甚至达50％以上。其起因是在高温多雨条件下与不当施用氮肥有关。已总结出的经验是：不要在大雨前施，也不要在雨后立刻施；偏施过浓的速效氮肥，容易引起枯败病和疫病。对过酸的泥土，施用石灰中和泥土酸性有助于提高抗病力。

冬瓜需肥量大，三元素中对钾的需求*。开花结果后，在追施优质洋丰、住商等复合肥基础上，叶面喷施富万钾、普罗丹等高钾叶面肥2—3次，能够有效弥补根部吸收的不足，并供给冬瓜所需的多种微量元素。