嫁接是利用砧木的根系代替接穗根系行使地下部的生理功能，为地上部提供水分和营养，协同完成生长过程。因此，砧木应当比接穗具有更强的环境适应能力，耐旱、耐涝、耐热、耐寒、抗病虫等，尤其对某些土传病虫害免疫或高抗；要求砧木根系发达，耐移植，吸收肥水能力强，促进接穗生长发育，易实现早熟丰产目标；砧穗嫁接亲和力要强，嫁接后容易成活，生长后期不发生共生不亲和现象；嫁接植株长势正常，产量品质稳定。除此还需考虑砧木来源、栽培管理和嫁接操作的方便程度等。

选择砧木是嫁接育苗的前提，关系到育苗成败。砧木可选用与接穗同种的植物(即共砧)，也可选用不同种植物。嫁接前首先应考虑该蔬菜可供选用的砧木种类，明确每种砧木各有何特点，然后根据栽培季节、栽培方式、土壤条件和品种类型选择适宜砧木。如黑籽南瓜对枯萎病具有很强抗性，低温下生长发育良好，适于黄瓜越冬栽培作砧；新土佐抗枯萎病兼耐高温，则适于春夏栽培作砧。

我国对蔬菜嫁接砧木的研究较少，目前生产中黄瓜嫁接多采用黑籽南瓜为砧，西瓜嫁接多采用葫芦(瓠瓜)为砧。日本、韩国和我国台湾省对蔬菜砧木曾进行了较为系统的研究，并育成了许多专用砧木品种。