砧木扦插嫁接法也叫蔬菜、砧木共同断根嫁接法，该嫁接法将蔬菜苗和砧木苗从地里拔出，按嫁接要求进行苗茎削切或插孔，并配对嫁接后，再将砧木苗茎扦插到准备好的育苗基质中，进行幼苗培养。

砧木扦插嫁接法由于不受砧木根系的影响，可以较好地控制砧木苗茎的高度，比较适用于砧木苗茎偏高一类砧木苗的嫁接。另外，该嫁接法还适用于用砧木的苗茎切段作砧木与蔬菜进行嫁接育苗，扩大砧木的繁殖系数，在砧木苗数量不足时应用此法，有利于确保栽培用苗。

但是，砧木扦插嫁接法由于是用砧木苗茎扦插法培养成苗，嫁接苗成活期间幼苗的供水状况受砧木根系的发生情况影响很大，一旦环境不利于砧木苗茎生根，或导致苗茎染病，嫁接苗的成活率极低。所以，砧木扦插嫁接法对嫁接育苗的环境要求极为严格，嫁接苗成活率更难以掌握，适用的蔬菜品种范围也比较窄，主要适用于扦插后容易生根的一些蔬菜品种，例如番茄、茄子等。因此，目前该嫁接法的应用比较少，除了番茄和西瓜少量应用外，其他蔬菜上很少应用。