由于水东芥菜生长期短，生长迅速，因此，管理措施要及时。（1）定植：整地时施足基肥（有机肥每亩施1000kg，及适量的磷钾肥）。耙碎耙匀后起畦，畦宽1.2－1.5m包沟。苗期12－15天，把选好的壮苗按株行距12×15cm，带土移植。（2）施肥：施足基肥，勤施追肥。施肥以氮肥为主，配合适量的磷钾肥。以增强植株抗病力和改善品质，提高产量。水东芥菜早熟性强，生长快，周期短，因此当定植成活后，即应及时追肥，以勤施薄施为原则，逐渐增加浓度。施肥后还应注意用清水喷淋菜苗，以免被肥水灼伤。（3）水份管理：水份管理的原则是，晴天、少雨、干旱时及时淋水；雨天，及时排水。夏秋高温烈日期间，除了早、晚各淋水*外，尚需淋过午水、确保土壤湿润。

水东芥菜的病害主要是病毒病，该病主要是由蚜虫传播，防治此病，以预防为主，因此，必须注意及时杀灭蚜虫。在苗期及移植大田后，均要注意及时防治蚜虫。可用40%乐果合剂2000倍液喷杀，但需在采收前15天停止用药。还可以选用2.5%天王星（联苯菊酯）乳油3000倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂2000-3000倍液喷雾，连续喷2-3次，至完全杀灭为止。此外，主要的害虫还有黄曲条跳甲、其幼虫为害根部，成虫吸取叶汁，形成斑点而影响质量。防治成虫可用98%巴丹原粉1500倍液喷杀，防治幼虫可用90%敌百虫1000倍液淋施根部。