辣椒菌核病病菌主要以菌核遗落在土壤中或混杂在种子中越夏或越冬，第二年温、湿度适宜时，菌核萌发产生子囊盘和子囊孢子，子囊孢子借气流传播到植株上进行初侵染，病菌由伤口侵入或直接侵入。花、叶、果柄染病时呈水浸状软腐，致使叶片脱落。果实染病，果面先变为褐色，呈水浸状腐烂，逐渐向全果扩展，有的先从脐部开始向果蒂蔓延，*后扩展到整个果实并导致果实腐烂，表面长有白色棉絮状菌丝体，发病后期，其上结成黑色不规则形菌核。

防治方法：

①农业措施：清除混在种子中的菌核，防止把菌核插入苗床。深翻土地后喷洒新高脂膜，迅速在地面形成一层透明的薄膜，防止菌核萌发出土。控制塑料大棚温、湿度，及时放风排湿，是尤其关键的措施。采用滴灌或暗灌的形式浇水，以降低棚内湿度。在气温较低时，特别是春季寒流侵袭前，要及时喷洒新高脂膜800倍液保温防冻，或在棚室四周盖草帘，防止植株受冻。发现病株及时拔除或剪去病枝，带到棚外集中烧毁或深埋，喷洒护树将军1000倍液杀菌消毒，防止病菌的传播复制。

②药剂防治：坚持“预防为主，综合防治”的方针，做好辣椒生长各个阶段的防治工作。在辣椒的各个生长阶段及时喷洒辣椒壮蒂灵，提高果实的膨大活力，增强植株的抗病能力。