紫菜薹病虫害一般不是特别严重，农民朋友在栽种时可以注意病毒病以及蚜虫和菜青虫的防治。

病害：主要有病毒病，毒源主要为芜菁花叶病毒和芜菁花叶病毒与黄瓜花叶病毒的复合侵染，所以种植时要注意合理安排蔬菜种类的布局轮作，育苗期防蚜至关重要。发现个别植株发病初期，即拔除病株，并用药剂防治，全面喷洒20%病毒A 可湿性粉剂500倍液，或1.5%植病灵乳剂1000倍液，另外隔10天*，连续喷洒2-3次。常见的还有软腐病，可用可杀得2000，1000-1200倍液进行防治。另外霜霉病可用36%新露灵悬浮剂600-800倍、72%百思特600-800倍、70%品润干悬浮剂600-800倍进行防治。

虫害：主要有蚜虫和菜青虫，要及早防治。蚜虫的药剂防治可选择有触杀、内吸、熏蒸三重作用的农药，如国产的50%抗蚜威，或英国产的避蚜雾50%可湿性粉剂2000-3000倍液喷洒，或镇蚜1000-1500倍液。菜青虫可用10%高效灭百可5000-7000倍液、易福1200倍进行防治。另外还被农民称为“钻心虫”的菜螟，可用1.8%的蛾宁乳油1000-2000倍进行防治。