病毒病为菜心的主要病害，主要由烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒侵染引起，传染媒介主要是蚜虫。主要在幼苗期发生，因品种或毒源不同，染病后常出现两种症状，一种为畸形花叶型，另一种为坏死斑点型。植株染病后结荚少，种子不实率多，发芽率低。

针对病毒病的防治只能采取综合性的农业措施，以预防为主。选用抗病品种，一般早熟品种比迟熟品种抗病性能强。播前清除前作残株和杂草，避免连作，及时拔除病株烧毁或深埋，手接触病株后要及时消毒，防止人为传病。定期对田间喷施护树大将军消毒杀菌，减少病菌滋生。注重培育壮苗，施足基肥，加强肥水管理，增施磷钾肥，培育健壮植株，高温干旱季节勤浇水，可减轻发病程度。控蚜防病，苗期覆盖银灰色遮阳网或悬挂银灰色薄膜条驱蚜或利用黄板诱杀蚜虫，并注意及时用药防治蚜虫。发病初期选用护树大将军+植物细胞免疫因子以寄主植物抗病机理及利用病菌毒性变异原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。