①烂种　豌豆苗栽培过程中，尤其是叠盘催芽期间，容易发生烂种现象，生产必须严格控制浇水量和温度，水量过多，尤其是在高温、高湿条件下，极易引发烂种、烂芽。此外，苗盘应进行严格的清洗和消毒，如前所述，清洗时可在水中加适量洗涤剂或漂白粉。在管理过程中，及时剔除烂种，烂种开始呈黑色，逐渐腐烂呈浆糊状，很容易与正常种子区分开。

②芽苗不整齐　为避免芽苗高低不齐，栽培过程中应注意采用纯度高的种子，并应均匀地播种和浇水，要水平摆放苗盘。芽苗生长过程中，还要经常“倒盘”，变换苗盘的位置，使苗盘所处栽培环境一致。

③芽苗过老（纤维过多）芽苗菜栽培过程中，干旱、强光、高温、低温或生长期过长等情况，都将导致芽苗菜纤维的迅速形成，生产上应避免上述现象出现。

④根腐病　根腐病发生初期为局部发病，病菌随着所喷淋的水分在整苗盘内部和苗盘之间迅速蔓延，严重时可使整床豌豆苗毁灭。发病时病苗根系变为褐色，白根减少，种皮亦发生褐变，植株生长缓慢。防治方法是选用抗病品种，浸种时严格消毒，育苗盘严格消毒，使用过的育苗盘清理干净后用漂白粉或高锰酸钾溶液浸泡消毒。及时剔除发病的幼苗。