西瓜容易得枯萎病，以瓠瓜、黑籽南瓜、葫芦、冬瓜等作砧木，采取插接、劈接、靠接等方法进行嫁接育苗，对防治枯萎病效果十分明显，尤其在重茬地效果更为突出。

西瓜嫁接苗定植后，在西瓜幼苗和伸蔓期每株用250毫升的高锰酸钾500－800倍稀释液灌根，可使发病率控制在5％以下；在西瓜枯萎病始期，用此高锰酸钾溶液灌根，隔5－7天*，连续2－3次，治愈率可达80％－90％。同时加强肥水管理：多施充分腐熟的有机肥料，避免大量施用化肥，并注意氮、磷、钾及微量元素锌、硼等配合施用。控制浇水，防止大水漫灌。　

发病时，也可用地菌净灌根和叶面喷施相结合防治。发病初期用25％的地菌净300倍液给病株灌根，每株用药液1－2千克，同时用50％的Bt400倍液叶面喷洒，这样施用*即可控制病情不再发展，7天后减半用量再施用*，即可保证丰产。