病毒病为平菇上的重要病害之一，全国各地普遍发生。平菇菌丝感染病毒后没有明显症状，只是生长速度变缓，菌落边缘不整齐。到了出菇期，感染病毒的子实体菌柄肿胀呈近球形或烧瓶形，不形成菌盖或菌盖很小；有的菌柄变扁或弯曲，表面凹凸不平或有瘤状突起，菌盖变小畸形，有深缺刻和呈波浪形；有的菌盖及菌柄上出现明显的水渍状条纹或条斑。

预防平菇病毒病，可采取以下措施：（1）选用无病毒的菌种，严格把好母种关。凡生长异常，特别是菌丝不整齐的母种要剔除；原种、生长种在培养阶段要经常检查，凡菌丝有缺刻或花斑块的要坚决淘汰。（2）菇棚、培养室、接种工具要严格消毒。（3）感染病毒病的平菇菌袋要挑出隔离并烧毁。生产结束后对患病的菇房进行严格的消毒，将菇床架拆开清洗，防止携带病毒的孢子和菌丝潜伏在架缝中。