刚摘的金樱子先要进行清洗，放在清水中清洗干净。因为它的果实里面含有很多糖分，糖分容易吸引蚊虫，就会沾很多病菌。清洗前最好先在热水中浸泡一会，清洗干净保存的时间才会更长，后期想要用也更方便。

果实清洗干净之后要放在通风好的地方风干，自然条件下保留的金樱子营养价值会更高。注意，最好不要人工风干，因为温度太高容易损伤果实的营养，降低营养价值。

如果想要明年继续用种子种植，就要放在阴凉且通风环境比较好的地方保存。注意，尽量不要放在冰箱里冷藏，若是温度控制不好，容易被冻死。此外，注意保存前先低温处理，这样它能适应不同的环境。

金樱子的药用价值极高，但注意不管用在什么地方，都要消毒后才能用。可直接放在酒精里消毒，也可放在多菌灵溶液里消毒。另外，注意它的外表有很多坚硬的刺，采摘的时候要小心，避免被刺伤。