薏苡栽植当年就可收获，具体采收期因品种、播期不同而异，早熟品种8月即可采收，晚熟种要到 11 月采收。薏苡开花期长，分枝性强，同株籽粒成熟也不一致，而又极易脱落，应适时收获。一般在叶色变为黄绿、大部分果实变为浅褐色或黄色、大部分果实饱满时收获较为适宜。收获时，应选晴天割全株。过早采收空壳多，产量低；过迟采收籽脱落，造成丰产不丰收。先收成熟的籽实，让未成熟的籽实继续长大，最后于距地面6~10厘米处割下植株，割下的植株可集中立放3~4天晒干后再用打谷机脱粒。脱粒后扬净，种子经2~3个晴天晒干即可。以备贮藏或碾去硬壳。干燥后的薏苡籽实，其外有较坚硬的总苞，其内又有红色种皮，可用脱壳机械脱去总苞和种皮，得到薏苡仁，出米率约为50%左右。

储藏米仁随时即可食用或药用，或者出售。出售时以薏米粒饱满、无杂质、干燥为佳品。