为了降低生产成本，尽量使用化学除草剂进行除草。播种后出苗前喷施秀去津和50%乙草胺的混合液，按1：1比例混合，每公顷用6千克，兑水1000千克，进行封垄；如果还有杂草，在杂草3~5叶时使用40%草干磷水剂进行灭草，每公顷用15千克，喷雾时喷头上一定戴防护罩进行定向喷雾，千万不要喷到薏米上，避免出现药害。

除草可先用“阔锄”等阔叶化学除草剂。在苗高10厘米左右时进行第一次中耕除草，苗高20厘米左右时进行第二次，苗高30厘米时进行第三次。药物除草也可以结合施肥、培土进行。在薏苡分蘖末期至拔节前，杂草只有2~3片真叶时，每亩用72%的2.4-D丁酯25~50克喷药除草，每隔半月一次，连续2~3次。封垄(培土)后，停止中耕，以免伤根，影响生长。