蒙古黄芪种植第一年不开花，第二年大量开花，第三年最为茂盛。膜荚黄芪虽然第一年开花结籽，但生产上多在二年生以上植株上采种，而蒙古黄芪宜选三年生以上母株留种，这样的种子产量高、质量好。当秋季果荚下垂黄熟，种子变褐色时立即采收，否则果荚开裂，种子零散难以收集。黄芪为无限花序，植株下部种子成熟时，上部仍在开花，如果果荚内种子散失，不仅种子产量降低，而且成熟的种子落地后，第二年还会萌发，这样就会造成田间的苗龄不同。因种子成熟期不一致，应随熟随采。因此，种子的收获应分期进行，当荚果变黄、种子呈褐色时采摘，晒干后脱粒，除去杂质及病虫粒，通过风选或水选，剔除瘪籽和虫蛀籽，选籽粒饱满而有褐色光泽的优良种子存放在干燥、通风处储藏备用。