蒙古黄芪在第二年开始开花，花序以主茎直接着生花序为主。花序初形成时，小花冠整个包于花萼中，花萼绿色，花序呈穗状。花冠开放前呈淡黄色，有的呈粉红色，花序上的小花梗由底部向上依次开放，花药风干后随即开裂，授粉过程开始。蒙古黄芪整个花序有小花数为5~15朵，排列较疏松。受精后子房逐渐膨大，花冠逐渐脱落，子房柄延长并超出萼筒，花期25天以上，6月中旬进入果期，荚果初为绿色，成熟时为棕色。7月中旬即可收获种子。

膜荚黄芪是异花授粉，当年就可以开花结籽。花的生长发育和蒙古黄芪相似，但花比蒙古黄芪的花大。整个花序排列较紧密，每个花序上小花数较蒙古黄芪的小花数多，为20朵以上。膜荚黄芪开花期明显较蒙古黄芪晚，始花期在7月下旬，于8月中下旬进入果期，可持续到9月下旬。