五味子种子中含挥发油。油中以柠檬醛、α、β-花柏烯、β-花柏醛为主要成分。果实含柠檬酸、苹果酸、酒石酸、五味子 Vc。种子含有大量脂肪酸。

五味子果实、种子含丰富的木脂素类化合物，如五味子素、去氧五味子素、新一味子素、五味子醇、五味子酯、五味子甲素、乙素、丙素、五味子酚、异五味子素等等。

华中五味子果实、种子中含五味子甲素、乙素、安五脂素、五味子酯甲、乙、丙、丁、戊。

翼梗五味子果实、种子含南五味子酸、五味子酸、安五脂素等等。

红花五味子种子含五味子酚、五味子醇甲、五味子甲素、乙素等成分。

此外，尚发现有柠檬醛、叶绿素、甾醇、维生素C维生素E、树脂、鞣质及少量糖等。