黄连移栽之后二年就可开花结实，这个时候可以采收种子。通常情况下，都以栽后3~4年生的黄连植株所生的种子质量为最好的，这一时期的黄连种子的数量也比较多。一般在5月的中旬，当黄连果由绿色变成黄绿色的时候，应该及时进行采收。

黄连的采种适合选择在晴天或者阴天无雨水的时候进行。首先将黄连的果穗从茎部摘下来，放入细密的容器里，放在室内或者阴凉的地方，经过2~3天之后，黄连的种子基本成熟，随后就可以搓出种子。再准备好比黄连种子多2倍的腐殖细土或者细沙，将种子与腐殖细土或者细沙拌匀之后层积保藏就可以了。

黄连的种子贮藏方法有两种：一是干藏，二是温湿沙藏。黄连的种子寿命受贮藏条件的影响，一般的干藏和常温湿沙藏，均不易保持种子较长寿命。黄连种子对温度和湿度都有着较高的要求，只有在(0℃~2℃)和一定的湿度条件下能保持种子的多年生命力。根据黄连种子的胚后熟休眠特征来保存种子，种子可以在3℃~5℃的低温湿沙贮藏5~6个月，这样就可解除休眠，发芽率可以达到90%左右。