黄连烘干之后就要进行贮藏，一般用内衬防潮纸的纸箱来包装已经烘干的黄连，每件包装15千克左右，包装好的黄连应该贮存于阴凉干燥的地方。商品安全水分为11%~13%。

黄连在高温多湿的情况下容易生霉，很少有虫蛀。危害黄连储藏的仓虫主要有白腹皮蠹。在黄连的贮藏期间应定期进行检查，如果发现有生霉的情况，要及时把黄连拿出来晾晒，或者采用密封充氮降氧来养护。