黄连采收之后，把根茎、叶子一齐运回进行加工和晾晒黄连鲜根出土之后，鲜根茎不用水洗，应该直接干燥，根状茎要单独烘干，一般干燥的方法都采用炕干，用来烘干的材料主要是用柴草或无烟煤加温烘干。

选用柴草做燃料的，一般在住房旁边或黄连地的附近，选择地面平坦、外壁直立、土层比较厚的土台，在土台上挖长方形的平炕。如果是用无烟煤做燃料的，通常在室内修筑成斜坑，来进行黄连的烘干。

烘炕黄连时火力要均匀，开始的时候火力不要过猛，应该徐徐加大，并且边烘边勤加翻动，烘至半干时，应该取下黄连，然后分成大、中、小三个级别。之后重新上炕，较大的黄连应该放在下层，中等大的黄连放在中层，小一点的黄连放在上层。使上、中、下三层黄连的干燥程度达到一致。

在烘干的时候，注意火候的拿捏。在黄连逐渐变干的时候，烘的火力也应该随着黄连的干燥程度而减小，一般烘干的黄连根状茎容易折断，干到容易折断、断面呈甘草色的时候就意味着黄连烘干了，便可以直接出炕。趁热取下来放在竹制的槽笼里来回推拉，也可以放在铁质的撞桶里用力的旋转、推撞，这样就可以撞去黄连残存的须根、粗皮、鳞芽以及叶柄。推撞之后再倒出，拣去石子、土粒，扬去灰渣，成品药材就做好了。

如果黄连的生产面积大而又有条件的，可以建一个黄连烘房进行烘干。一般情况下，每亩黄连地可以生产干黄连大约75~211千克，高产的黄连地每亩可以达到311千克。