黄连通常在移栽后的第五年收获，也有在第四年就开始采收的，但相对的产量比较低。还有到第六年才采收的，到第六年采收的黄连的产量一般比第五年的产量增多10-15%。但黄连的采收最晚不要超过第六年，因过分延长生长期，使黄连的长势减弱，根茎很容易腐烂掉，导致产量下降。

黄连的采收一般在10~11月份进行。收获得太早，黄连的根茎水分就比较多，折干率相对比较低；但又不适合采收的太晚，如果到第二年春天雪化解冻之后收获，黄连的植株已经开始第二年的抽薹开花了，根茎的养分就被消耗掉了，黄连的根茎就会中空，质量下降，产量也随之降低。所以应该选择适当的时间来采收黄连，既保证了黄连的产量又保证了黄连的质量。

黄连的采收要选择在晴天进行，先拆除黄连地里的荫棚，采收的工具一般使用二齿耙，也可以用四齿耙。按照黄连的行株距，用耙子把黄连的整株都挖出来，抖掉根茎上面大块的泥沙，之后再敲落根部上的粘带的附土，在齐根基部剪去多余的须根，齐芽苞处剪去黄连的叶片，就可以得到黄连的鲜根茎，俗称“毛团”。新鲜的根茎主要加工做药材。

采收把黄连分为三部分，分别收集它的根茎、须根以及叶片。不要只收集黄连的鲜根茎，因为黄连的小须根和叶子也都有用处，运回之后将须根、叶片经干燥去泥沙杂质后，也可以入药。残留叶柄及细渣筛净后可以供家禽、牲畜使用。每亩地可以收获黄连鲜根大约500千克左右。