黄连从小苗到收获期间的除草很重要，栽植黄连幼苗的当年和第二年秧苗生长比较缓慢，但是杂草的生长速度却十分快，所以为了保障黄连幼苗的健康成长，必须及时拔除杂草。黄连的小苗期更适合以“拔”来除草保苗，每年春夏秋一共需要除草三次。

黄连生长期比较长，由于除草费工又费时，所以黄连的除草同其他作物一样也需要化学除草剂的帮助，近年来采用化学除草剂，有扑草净、敌草隆、除草醚等除草剂，除草的效果都比较明显。

在黄连的栽种当年和第二年，每年除草4~5次，第三四年每年3~4次，到了第五年除草1次就可以了，每次在草有2~3片叶时施药，每亩用扑草净250克、西玛津25~30克、稻田一次净(永川产)2包(三种药使用时，只用其中的一种)，与20~30千克沙或磷肥混合使用。

想种菜提醒黄连地的除草主要在晴天下午或者傍晚，以及阴天均匀撒于黄连土中(只算厢面净面积)，用竹竿或树枝扫落于地中就可以。然后仔细观察，如果还没有除净的杂草，就人工拔除。在黄连的除草上要做到见草就除、除小、除净。