黄连秧苗的质量与成活率及产量有密切关系，壮苗成活率高，生长快，黄连产量也高，故移栽时应选择有4片以上真叶、株高在6厘米以上的健壮幼苗。一般选1~1.5年生的幼苗。移栽前，从苗床中拔取粗壮的秧苗。

拔黄连苗时用右手的食指和大拇指捏住苗子的小根茎拔起，抖去泥土，放入左手中，根茎放在拇指一面，秧头放整齐，须根理顺，不能弯曲，每100株捆成一把。拔苗时黄连的须根很多已受损，失去生机，移栽之后须重生新根，所以移栽之前在距头部1厘米的地方，剪去过长的须根。如果采用“通杆法”移栽，黄连的须根应留的长一些，约1.2~2厘米。将须根剪短约留2~3厘米长，放入水中清洗，用水把秧苗根上的泥土淘洗干净，以便于栽苗，秧苗吸收了水分，栽后就容易成活，移栽之后黄连幼苗的根茎易与土壤接触可以诱发新根。

在清洗秧苗根须之后，最好用钼酸铵1~2：500千克的水溶液浸根2小时，这样能促进幼苗的发根，也能加速幼苗的长势；也可以用高锰酸钾0.5~1：500千克水溶液浸根2小时，高锰酸钾也有加快黄连生根和发育的作用。