黄连播种之后，第二年春3~4月出苗，出苗前应及时除去覆盖物。当苗具1~2片真叶时，按株距1厘米左右间苗。6~7月可在畦面撒一层约1厘米厚的细腐殖土，以稳苗根。荫棚应在出苗前搭好，一畦一棚，棚高大约为50~70厘米，荫蔽度控制在80%左右，如采用林间育苗，必须于播种前调整好荫蔽度。

在黄连幼苗生长期间，由于幼苗生长缓慢，要及时除掉杂草，并且施速效性氮肥每亩5~10千克，到第二年5月下旬黄连幼苗可长出3片真叶。在播种后第三年可出圃移栽，一般1千克种子可育10~20万株黄连苗，育苗畦的宽度大约为120厘米，沟的宽度大约为30厘米，沟的深度大约为10厘米。