黄连性喜冷凉湿润，忌高温干燥，故宜选择早晚有斜射光照的半阴半阳的早晚阳山种植，早阳山是最好的。

根据黄连的生物特性可以选择半阴半阳湿润肥沃的杂木林或二荒地，同时黄连对土壤的要求比较严格，由于栽培年限比较长，密度又很大，须根发达，且多分布于表层，所以应选择土层深厚，肥沃疏松，排水良好，表层腐殖质含量丰富，下层保水、保肥力较强的土壤。

植被以杂木、油竹混交林为好，不宜选土壤瘠薄的松林、杉林、青冈林 pH值宜在5.5~6.5之间，呈微酸性。而杂木林或二荒地的土壤是属于土壤肥沃、腐殖质深厚、排水良好的砂质壤土，适合播种黄连种子。杂木林里采伐的木材正好可以用来搭建木棚，就地取材更方便了黄连的种植。

应该在8~10月这两个月期间，砍去地面的灌木、竹丛、杂草，在砍净林中的灌木、竹丛、茅草后，留下所有乔灌木，在保证荫蔽度70%以上的遮阳条件下，照顾到树林的稀密，和对开厢有无影响，砍去多余的树木，这个时候砍山，次年发生的杂草就很少，竹根与树根不容易再生根发芽，树木含水分少，组织非常紧密，用作搭棚材料坚固而且耐腐。

待冬季树叶完全脱落之后，1~2月间就可以进行搭棚了，这样栽种黄连可节省拾落叶的劳力，故有“青山不搭棚，六月不栽秧”之说。所以应选择在1月、2月搭建木棚。