在黄连的种子繁殖上首先要进行选种和种子处理。黄连实生苗四年开花结实，所结的种子数量少且不饱满，发芽率最低，苗最弱，产区称为“抱孙子”。五年生所结种子青嫩，不充实饱满的也较多，发芽率较低，产区称为“试花种子”。

六年生所结的种子，籽粒饱满，成熟度较一致，发芽率高，产区称为“红山种子”。七年生所结种子与六年生所结种子相近，但数量少，产区称为“老江山种子”。留种以六年生者为佳，种子千粒重为11~1.4克。

由于黄连开花结实期较长，种子成熟不一致，成熟后的果实易开裂，种子落地，因此生产上应分批采种。在5月上旬黄连种子成熟后立即采收，采收的黄连种子胚尚未分化，必须经过种子处理后方可播种。种子用砂藏法处理，到11月经过砂藏的种子开始裂口，就可以播种了。

自然成熟的黄连种子，具有休眠特性，其休眠原因是种子具有胚形态后熟和生理后熟的特性。在产区自然成熟种子播于田间，需要经过9个月，才能完成后熟从而萌发出苗。

据报道，种子经赤霉素处理后可以缩短后熟期。