黄连的芽分为两种，混合芽和叶芽。

黄连的混合芽着生在根茎上，每个分枝的顶端那一部分称为顶芽，在顶芽基部可以看到侧生的混合芽，与顶芽呈45~90度角。黄连的混合芽呈圆形，外面有鳞叶7~9片，剥开鳞片，可以明显的看到穗原始体和叶原始体，它们在早春发育成花薹和新枝。

黄连的叶芽又称为枝芽，它着生于黄连的地下根茎上，距离地面1~4厘米的地方，紧贴在根茎上，并且与根茎平行(扁圆尖形)。剥掉5~6片鳞叶，可以看见3~4片佛手状的叶原始体，还有饱满的叶芽和瘦小的叶芽之分。

在早春萌发之后，黄连长出短茎，在茎顶端丛生4~5片叶子。瘦小的叶芽一般不长出土面，只有个别的长出细细的枝，出土之后又生出1-2片小叶子。

芽的多少与饱满程度是黄连产量的决定性因素，芽的生长程度还和它生长的土壤肥力、田间管理措施有着密切的关系，在肥沃的土壤中，黄连分化的芽就相对多些。

如果荫蔽度太大，或者覆盖的泥土过深，黄连的混合芽就减少。黄连的幼芽一般随着黄连的生长年限增加，芽也相应的增加。在栽植黄连的第六年亮棚后，强光就抑制了芽的生长。