土壤的养分对黄连所起的作用，犹如人类需要粮食一样重要。养分的供应不足，常常是产量不能进一步提高的重要因素。为了增产就必需供给黄连充足的养分。在土壤养分不足的情况下，就得通过施肥来满足黄连对养分的要求黄连和很多作物一样，是喜肥的作物，因为它栽培年限又长，需要几年，所以更需要肥料的滋养，才能保持在栽种的几年期间能良好的生长。栽培时每年必须施用大量肥料，特别是农家肥料及肥沃的腐殖质土。一般栽种黄连的农民都能在本土栽培黄连期间使用大量的肥料，在黄连的生长期间，他们每年都追施大量的有机肥、腐殖质土及其他肥料。

其实黄连生长各个阶段对各种肥料的要求不同，氮肥能促进茎叶生长，有提苗的作用，所以在育苗期及移栽后应该多施些氮肥。而磷钾肥对提高黄连的结实率及根茎充实有很大作用，所以在生长后期，尤其在抽薹开花结种前后，应该结合使用磷钾肥料做底肥。

速效性有机肥及化肥多用作春季及种子采收后追肥。

如果黄连生长期间缺磷、硫时，叶子就会萎蔫；缺氮时小檗碱含量减少，为黄连施石灰能增加折干率。