天麻采收时，先将表层盖土或覆盖物去掉，在接近天麻生长层时，要慢慢刨土，发现天麻则顺着天麻着生处刨土，能取出的就先取出。然后再取出菌材收取天麻，应将栽培床内的米麻、白头麻和箭麻全部取出。

由于收获时天麻已停止生长，生活力低，对外界的抵抗力差，容易感染杂菌而腐烂，因此，收获时除应防止天麻块茎碰伤外，也不能用装过肥料、盐、碱、酸等的用具来装天麻，尤其不能装做种的天麻。待全部收完后，选出留种用的箭麻、白头麻和米麻，其余全部准备加工。