一般情况下，天麻种子是随时采收，随时播种，不宜久贮。在常温下，天麻种子很容易失去活力。在30℃气温下，天麻种子贮存1天就可能失去发芽力；但在冷凉山区，天麻种子在常温下，可以保存4～5天而不失去活力。

特殊情况下，如需短期贮存天麻种子，可将种子装入玻璃器皿内，置于2~4℃的冰箱中保存5~7天，贮存过久将失去活力。如果天麻蒴果采收时比较嫩，果子未出现开裂，保存时间可以达到2周。

如果异地播种，就有一个运输的过程，应将采收的较幼嫩的天麻蒴果放入冷藏箱内，保持箱内湿度5~7℃。如果短途运输，也可将天麻蒴果放入隔热性能好的纸箱或者泡沫箱内，再用塑料瓶盛装冰块放入箱内，适时更换冰块，保持箱内温度5~7℃,这样在4~5天内仍可保持种子活力。