小菇属真菌是一种弱寄生菌，它们只能侵染天麻种胚基部细胞。还没有观察到侵染天麻种子发芽的原球茎和营养繁殖茎、米麻、白麻。当蜜环菌侵入原球茎分化出的营养繁殖茎后，小菇属真菌和蜜环菌可同时存在于同一个营养繁殖茎中，其对天麻的营养作用逐渐被蜜环菌所代替。

紫其小菇的菌丝从天麻胚柄细胞侵入胚体，侵入初期菌丝分布在胚柄上2~3层的胚细胞中。随着胚的发育，菌丝分别向胚体的两侧扩展。种子萌发至原球茎时，被菌丝侵染的细胞在原球茎基部呈" V "字形分布。凡被紫其小菇菌丝侵染的种胚或原球茎细胞，其原生质及细胞器逐渐消失而出现许多不定形的囊状体，在种胚萌发至原球茎阶段，主要靠这种囊状体对紫其小菇菌丝进行包围消化。试验证明，不仅在胚萌动初期，而且是从种子发芽到原球茎生长并分化出营养繁殖茎的整个阶段，都需要消化侵入的紫其小菇等萌发真菌以获得营养，发芽后的原球茎及营养茎，和蜜环菌建立起营养关系，才能正常生长，长出粗壮的新生天麻。

天麻种子萌发的最适温度与共生萌发菌生长的最适温度不相吻合，这可能与天麻种子的生物学特性密切相关，在栽培上，一方面要考虑共生萌发菌生长所需的条件，又要满足天麻种子发芽的温、湿度，才能提高种子发芽率及天麻产量。