天麻种胚由胚柄细胞、原胚细胞和分生细胞组成。在授粉15天后至果实干裂期间（在授粉后20~21天）的种子，大部分均可在适宜的水分条件下萌发。与其共生萌发菌接菌播种，可提高种子的萌发率。6月中上旬种子播种后，共生萌发菌以菌丝形态从胚柄细胞侵入原胚细胞。当共生萌发菌侵入种胚后，分生细胞即开始大量分裂，种胚体积也迅速增大，直径显著增加，10天左右，渐与种皮等宽。种胚继续膨大，20天左右种子成为两头尖、中间粗的枣核形，胚逐渐突破种皮而发芽，播后25~30天就能观察到长约0.8mm、直径约0.49mm的发芽原球茎。7月天麻种子发芽最多。