总状花序腋生，垂直型，长5~12cm，花密集，自下而上顺序开花；花梗较短，卵形苞片早落；花萼绿色钟状或筒状，膨胀或否，基部偏斜，被短毛和刺毛状腺体；萼齿5枚，上部的两齿部分合生。蝶形花冠淡红紫色或黄色，长1.4~2.5cm；旗瓣大，矩状椭圆形，基部有短爪，翼瓣及龙骨瓣均有长爪，翼瓣短于旗，龙骨瓣分离、不合生；二体雄蕊（9+1),花丝长短交错，花药二型，药室顶端连合；子房1室，无柄，含2~10个胚珠。

甘草为异花授粉植物，柱头可授性能持续4天，开花当天可授性最强。主要的访花昆虫有蜂类、蝶类、蝇类、蚂蚁、蚜虫等。用种子繁殖的实生苗第三年有少量开花，结的种子不成熟，第四年全部开花，结的种子可以当商品种子用，种子比较成熟饱满，以后每年开花结籽，可长达30年。随气候条件变化，甘草结种有大小年之分，过分干旱、虫害、水涝都影响种子的产量和质量，甚至绝收。在新疆，野生甘草的主根和横走茎在当年的冬季形成越冬芽和花芽，每年的春季3~4月，甘草发芽，长出茎叶，5月底可见花蕾，6月中下旬小花逐渐形成，7月上旬花数量达高峰，从下向上依次开花，此后开花数量下降，进入结果灌浆期，8~9月种子依次成熟。在一天中，小花在上午10时开放，至12时达到高峰。